На отпевании Старца Иоанна Крестьянкина прозвучало его Духовное завещание. Как сообщили ПАИ в информационной службе Псковской епархии, в Сретенском храме Псково-Печерского монастыря иеромонах Хрисанф, духовное чадо Старца, прочитал Духовное завещание отца Иоанна Крестьянкина, предварив его такими словами: «Еще задолго до кончины, 25 июня 2005 года, батюшка продиктовал свое Духовное завещание. Вот оно: «Дорогие мои, родные и близкие, к закату преклонился день моей жизни. И я уже дважды получил о том извещение. Первый раз десять лет назад, но чьи-то молитвы преклонили Господа на милость и продлили мое пребывание в земной юдоли. 2 декабря 2004 года я зримо увидел, что переплыл реку моей жизни и стою в преддверии вечности. И, как благодарность Богу и Святой Матери Церкви, а главное же свидетельство о том, что Промысел Божий ведет нас по жизненному пути, оставляю краткие записи, как зерцало, отражающее эту очевидную истину. Мои разрозненные эпизодические повествования записывались с 1981 года, и это не были рассказы обо мне, но иллюстрации некоторых жизненных ситуаций. Теперь же, когда это лоскутное одеяло сложилось, и я переписал, перелистал, возвращаясь в прошлое, я сам умилился, узрев богатство милости Божией ко мне, убогому и грешному человеку. И на пороге новой жизни стою с замиранием сердца в ожидании встречи с Господом моим, встречи, к которой стремилась душа моя всю жизнь. А вам, как просьбу о молитвенной памяти обо мне оставляю эти записи о жизни в Боге, и, проверенное самой моей жизнью завещание. Дорогие мои чадца Божии, верьте Богу, доверяйтесь Его! Примите все в жизни: и радость, и безотрадность, и благоденствие и злоденствие, как милость и истину путей Господних, и ничего не бойтесь в жизни, кроме греха. Только он лишает нас Божьего благоволения и отдает во власть вражьего произвола и тирании. Любите Бога, любите Любовь и друг друга до самоотвержения. Знает Господь, как спасать любящих Его» - Архимандрит Иоанн. 25 июня 2005 года.

В своих Письмах к православным отец Иоанн называл смерть монаха – юбилеем.

Погребен Старец при большом стечении православного народа и священства под Успенским храмом монастыря в пещерах Богомзданных, там, где когда-то покоился местночтимый Святой, насельник Псково-Печерской обители Преподобный Симеон (Желнин).