Для повышения эффективности налогового администрирования и оптимизации системы управления и структуры территориальных налоговых органов ФНС России переходит на двухуровневую систему управления и укрупнение малочисленных инспекций. Указанная модернизация проводится в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 16.11.2020 №1830.

При переходе на двухуровневую систему управления все функции упраздняемых территориальных инспекций будут выполняться соответствующими Управлениями ФНС России по субъектам РФ. При этом центры компетенции по досудебному урегулированию споров передаются в межрегиональные ИФНС России по соответствующим федеральным округам. Указанная оптимизация организационно-функциональной структуры ФНС России позволит добиться единообразия применения правовых подходов при вынесении решений по жалобам, а также повысить эффективность контроля за деятельностью подразделений по досудебному урегулированию споров.

Пилотный проект по внедрению двухуровневой системы управления успешно зарекомендовал себя на территории Республики Алтай, где она применяется с 2016 года. С 23 ноября 2020 года еще в трех регионах территориальные органы ФНС России перешли на двухуровневую систему управления - республиках Тыва и Хакасия, а также в Севастополе. Таким образом, жалобы, полученные налоговыми органами указанных регионов с этой даты, будут рассматриваться межрегиональными инспекциями ФНС России по Сибирскому и Южному федеральным округам соответственно.